MUTYH-seoselise polüpoosiga seotud MUTYH geeni sekveneerimine
| Metoodika: |
Kodeeriva piirkonna sekveneerimine (Sanger) |
| Testi valmimisaeg: |
2-4 nädalat |
| Nõuded proovi-materjalile: |
2-4 ml täisverd antikoagulandiga EDTA (lilla korgiga katsuti)
1 µg DNA-d elueerituna TE, AE puhvris või steriilses vees, kontsentratsiooniga 100-250 ng/µl
DNA saata toatemperatuuril või külmutatuna. A260/A280 suhe peaks olema 1.8-2.0. DNA peab agaroosgeelis pikkusmarkeri juuresolekul olema detekteeritav ühe tervikliku bändina. |
| Tellimine: |
Proovimaterjal saata koos saatekirjaga Asper Biogene laborisse |
MUTYH geeni mutatsioonanalüüs
| Geenid: |
MUTYH geenist p.Y179C ja p.G396D mutatsioonid |
| Metoodika: |
Restriktsioonianalüüs (RFLP) |
| Testi valmimisaeg: |
2-4 nädalat |
| Nõuded proovi-materjalile: |
2-4 ml täisverd antikoagulandiga EDTA (lilla korgiga katsuti)
200 ng DNA-d elueerituna TE, AE puhvris või steriilses vees, kontsentratsiooniga 100-250 ng/µl
DNA saata toatemperatuuril või külmutatuna. A260/A280 suhe peaks olema 1.8-2.0. DNA peab agaroosgeelis pikkusmarkeri juuresolekul olema detekteeritav ühe tervikliku bändina. |
| Tellimine: |
Proovimaterjal saata koos saatekirjaga Asper Biogene laborisse |
Deletsioonide/duplikatsioonide analüüs
| Geenid: |
GREM1, MUTYH, SCG5 |
| Testi valmimisaeg: |
4-6 nädalat |
| Nõuded proovi-materjalile: |
2-4 ml täisverd antikoagulandiga EDTA (lilla korgiga katsuti)
1 µg DNA-d elueerituna TE, AE puhvris või steriilses vees, kontsentratsiooniga 100-250 ng/µl
DNA saata toatemperatuuril või külmutatuna. A260/A280 suhe peaks olema 1.8-2.0. DNA peab agaroosgeelis pikkusmarkeri juuresolekul olema detekteeritav ühe tervikliku bändina. |
| Tellimine: |
Proovimaterjal saata koos saatekirjaga Asper Biogene laborisse |
Näidustused geenitesti tegemiseks:
- Testimaks patsiente, kellel kliinilised sümptomid viitavad perekondlikule adenomatoossele polüpoosile (FAP), kuid APC geeni mutatsioone pole tuvastatud
- Testimaks isikuid, kelle lähisugulastel on avastatud vähk
- Geneetiline nõustamine
MUTYH-seoseline polüpoos (MUTYH-associated polyposis, MAP) sarnaneb fenotüübilt adenomatoosse polüpoosi AFAP vormiga, mida iseloomustab väiksem polüüpide arv (<100) jämesooles. MAP sündroom on retsessiivse pärandumisviisiga ja haiguse põhjuseks on mutatsioonide esinemine MUTYH geenis. MUTYH mutatsioone on leitud 26–29% 10–100 jämesoolepolüübiga patsientidest.
MUTYH geeni mutatsioonianalüüs on näidustatud FAP kahtlusega patsientidele, kellel ei ole APC geenis mutatsioone tuvastatud, kuid kahtlus pärilikule vähile säilib. MAP kahtluse korral teostatakse geeniuuring kahes etapis. Kõigepealt uuritakse kahe MUTYH geeni põhimutatsiooni (p.Y179C ja p.G396D) esinemist RFLP-meetodil. Euroopa populatsioonides esinevad MAP diagnoosi puhul need mutatsioonid 80% juhtudest. Kui nimetatud mutatsioone ei tuvastata, soovitatakse järgnevalt läbi viia MUTYH geeni sekveneerimine.
